Die Uckermark verfügt über viele Schutzgebiete. Rund 63% der Fläche unterliegen dem Schutzstatus. Rund 62 Schutzgebiete sind ausgewiesen. Die drei großen Naturschutzgebiete sind:

• Im Osten der Uckermark der Nationalpark Unteres Odertal- einziger Nationalpark in Brandenburg und einziger Auennationalpark in Deutschland.
• Im Süden der Uckermark das Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin- eine der größten zusammenhängenden Waldflächen Europas.
• Im Westen der Uckermark der Naturpark Uckermärkische Seen mit einer Fläche von 895 km² und über 220 Seen - Wasserwanderparadies vor allem für Paddel-Touren mit über 100 km Wasserwanderwege.

Neben den großen Naturschutzgebieten gibt es viele weitere kleinere Schutzgebiete wie im Gebiet der Uckermärkischen Seen das Landschaftsschutzgebiet Norduckermärkische Seenlandschaft, die Naturschutzgebiete

• Kieker
• Küstrinchenbach und Oberpfuhlmoor
• Großes Kernbruch
• Tiergarten Boitzenburg
• Clanssee
• Kleiner Kronsee
• Poviestsee
• Stoitzsee
• Mellensee bei Lychen
• Mewenbruch
• Knehdenmoor
• Damerower Wald
• Stromtal
• Tiefer und Fauler See
• Hutung Sähle
• Kleine Schorfheide

und die Flora-Fauna-Habitate (FFH):

• Stromgewässer
• Kuhzer See/Jakobshagen
• Hutung Sähle
• Templiner Kanalwiesen
• Hardenbeck-Küstrinchen
• Karpfenseen bei Boisterfelde
• Platkowsee-Netzowsee-Metzelthin
• Damerower Wald-Schlepkower Wald-Jagenbruch
• Kiecker und Schotterwerk
• Klaushagen

Die FFH-Gebiete sind Bestandteil des europaweiten Schutzgebietssystems NATURA 2000.